Есть очень простой и удобный способ подключать скрипты или стили к проекту, чтобы они кэшировались только когда это нужно, а при обновлении файла кэш сбрасывался. Это дописывание к uri файла get-параметром времени модификации файла.
Например:
<script type="text/javascript" src="/js/script.js?cach=<?php print filemtime($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/js/script.js') ?>"> </script>